A parte aumentare i tempi di timeout di PHP nel php.ini, una soluzione manuale potrebbe essere la seguente procedura:
1) cancellate gli indici svuotando la cartella /var/locks (solo il contenuto, non cancellate la cartella);
2) andate database e cercate la tabella index_process, modificate quindi i valori del campo status in che non sono pending in stato pending
3) a questo punto ricostruite nuovamente gli indici

Fonte: http://davidetaddei.blogspot.it/2014/09/cosa-fare-se-avete-gli-indici-bloccati.html